A instituição, enquanto Centro Polivalente do Funchal, foi criada por Decreto Lei nº 506/80 de 21 de Outubro, seguindo os parâmetros definidos pela Organização Tutelar de Menores (Decreto-Lei nº 314/78, 27 de Outubro) em matéria de “acção tutelar do Estado relativamente aos menores socialmente inadaptados e em perigo” (nº 1, do Decreto-Lei nº 506/80, de 21 de Outubro). Este estabelecimento tinha natureza dupla, simultaneamente de tutela de menores, dependente do Ministério da Justiça e de Reabilitação Social, dependente da Secretaria Regional dos Assuntos Sociais. Enquanto Estabelecimento de Reeducação e Lar de Semi-internato, apoiava crianças e jovens, do sexo masculino, de meios sócio-familiares carenciados, órfãos e vítimas de abandono, assim como aquelas crianças e jovens com comportamentos de pré-delinquência e delinquência que necessitavam de programas de reabilitação e de reinserção social.

Sediada inicialmente em Vila Passos no centro do Funchal, passou em 1984 a funcionar em Vila Mar, Largo do Lazareto, e no Estabelecimento da Achada, para apoiar jovens do sexo feminino. O Centro Polivalente do Funchal era  uma instituição grande, com uma estrutura massificada, com jovens de problemáticas diversas, onde se misturavam crianças vítimas de maus-tratos e negligência, com jovens pré-delinquentes e delinquentes. A imagem social da instituição era negativa, prevalecendo o estigma das crianças e jovens “delinquentes e problemáticos”.

Em 1996, a instituição iniciou um processo profundo de reestruturação ao nível dos recursos materiais e humanos. Construíram-se seis residências, com capacidade para apoiar 15 crianças cada e desactivaram-se a estrutura que funcionava em camaratas. Esta mudança estrutural permitiu adaptar um modelo do tipo familiar, permitindo um acompanhamento mais individualizado que melhor correspondia às necessidades de cada criança e jovem. Ao nível dos recursos humanos, nos quatro anos seguintes, reforçaram-se as equipas técnicas, com admissão de psicólogos e técnicos de serviço social, e investiu-se na selecção e formação das equipas educativas, de forma a qualificar os recursos humanos.

Este movimento tem vindo a consolidar-se a partir de 2000, com a aplicação da Lei Tutelar Educativa (Lei 166/99, de 14 de Setembro) e da Lei de Protecção de Crianças e Jovens em Perigo (Lei 147/99, de 1 de Setembro). Estas leis vieram regular as matérias no que se refere à intervenção específica com o jovem que comete ilícitos penais e o jovem a necessitar de protecção, assim permitindo dar continuidade ao processo de mudança desta instituição. Em 2004, altera-se o nome de Centro Polivalente do Funchal para Estabelecimento Vila Mar, nome da propriedade onde está sediada, na tentativa de reduzir o impacto social negativo desta denominação e na esperança de melhorar uma imagem associada historicamente às problemáticas da pré-delinquência e delinquência juvenil.

Para esta instituição, com existência desde de 1980 situa a sua intervenção em realidades sociais e humanas complexas e variáveis, a procura contínua de excelência e de eficácia na intervenção junto das crianças e jovens em perigo, inscreve-se na responsabilidade individual, no comprometimento com o bem estar da pessoa e com o respeito pelo outro.