Este estabelecimento de ensino, designado de Escola Básica e Secundária com Pré-Escolar e Creche do Porto Moniz, foi criado no ano letivo 1991/1992, enquanto anexo da Escola Básica e Secundária D.ª Lucinda Andrade, através da Portaria n.º 162/91, de 26 de agosto. 

     Inicialmente, a sua atividade desenvolveu-se nas instalações da Escola Básica do 1.º Ciclo de Porto Moniz, promovendo uma oferta educativa ao nível de todo o ensino básico.

     No ano letivo seguinte, 1992/1993, deixou de ser anexo da Escola Básica e Secundária D.ª Lucinda Andrade, passando a ter a designação de Escola Básica do Porto Moniz, por força da publicação da Portaria n.º 66/1992, de 21 de fevereiro.

     A construção do atual edifício sede, inaugurado a 26 de setembro de 1999, permitiu a mudança de instalações, com novas valências, pelo que foi deliberado pela Secretaria Regional de Educação a reorganização educativa da Escola Básica do Porto Moniz. Nesse processo, foi criado um novo estabelecimento de ensino, denominado Escola Básica e Secundária do Porto Moniz, decorrente da cisão com a anterior, que permanece no edifício inicial, ficando-lhe afeta a lecionação do ensino Pré-Escolar e 1.º Ciclo. 

     No ano letivo 1999/2000, a Escola Básica e Secundária do Porto Moniz assegura a lecionação do 2.º e 3.º Ciclos e dá início à oferta do ensino secundário com a lecionação do 10.º ano de escolaridade. 

     A partir de 1 de setembro de 2018, com a publicação da Portaria n.º 207/2018/M, de 2 de julho, aconteceu a reestruturação da rede escolar do Município do Porto Moniz, em que a Escola Básica do 1.º Ciclo com Pré-escolar e Creche do Porto Moniz funde-se com a Escola Básica e Secundária do Porto Moniz, passando a designar-se como Escola Básica e Secundária com Pré-Escolar e Creche do Porto Moniz, passando a ter uma abrangência educativa da creche ao 12.º ano de escolaridade.

     A Escola é constituída por três edifícios, da Creche, da Pré-escolar e 1.º ciclo e do edifício sede, com as seguintes moradas: Edifício sede – Beco do Pavilhão n.º 4, 9270-151 Porto Moniz; Edifício da Pré-escolar e 1.º Ciclo – Rua da Escola Velha n.º 5, 9270-151 Porto Moniz; e Edifício da Creche -  Rua do Poço da Penedia, n.º 6, 9270-151 Porto Moniz.