A Escola do Estabelecimento Vila Mar (antigo Centro Polivalente do Funchal, adiante designado por C.P.F.), tem o seu começo na década de oitenta do século passado, funcionando em duas salas dispersas, uma na Achada e outra na Rua 31 de Janeiro. Os alunos residiam na Instituição e eram matriculados na Escola do 1.º Ciclo de São Filipe (Louros).
No início da década de 90, a Escola passou a dinamizar três valências educativas: a educação pré-escolar, o 1.º ciclo do Ensino Básico, complementado com atividades extraescolares (Trabalhos Manuais, Expressão Plástica, Expressão Dramática, Educação Musical e Educação Física), e a formação pré-profissional certificável (nível 1), em regime de pré-aprendizagem e não certificável, respetivamente: cursos de auxiliar de padeiro, auxiliar de metalomecânica, auxiliar das indústrias da madeira e do mobiliário, de fibra de vidro e de cozinha e pastelaria. Estes cursos eram cofinanciados pelo Fundo Social Europeu e pelo Centro de Segurança Social da Madeira.
A formação pré-profissional assumiu uma importância capital na integração socio-laboral dos educandos. Por isso, foi alvo de profunda reestruturação, quer em termos de equivalência escolar para prosseguimento de estudos, quer em termos de certificação profissional de acordo com exigências do mercado de trabalho. Esta reestruturação, em parte, deveu-se à colaboração do Centro de Formação da Madeira, através do qual o C.P.F. se constituiu o primeiro Pólo de Aprendizagem da Região Autónoma da Madeira. O Protocolo de cooperação celebrado entre a Região Autónoma da Madeira e a Casa Pia de Lisboa abriu novas perspetivas nesta matéria. Todas as valências foram asseguradas por docentes e formadores oficinais devidamente habilitados, quer do próprio Centro, quer da Secretaria Regional de Educação.
Com o decorrer do tempo, a escola passou por diversas mutações, sempre de modo a acompanhar as necessidades dos seus educandos. Essa atualização foi notória no ano letivo 1992/1993, com o surgimento do cargo de Coordenador Pedagógico, que criou a valência do 1.º ciclo, numa modalidade a tempo inteiro, funcionando as atividades curriculares, no turno da manhã, na Escola Aspirante Mota Freitas, e as atividades extracurriculares, no turno da tarde, já no atual espaço do Vila Mar.
No ano letivo 1998/1999, a Escola abriu o curso de Cozinheiro de nível II, já certificado. Quatro anos depois, para além dos cursos já existentes, deu-se início a um Curso de Ensino Recorrente de Adultos (2.º Ciclo do Ensino Básico) e um Curso de Ensino Recorrente do 1.º Ciclo do Ensino Básico, com a finalidade de dar resposta aos alunos internos que estavam fora da escolaridade obrigatória e que não possuíam o 4.º ano de escolaridade.
No ano letivo 2007/2008, a Escola do Estabelecimento Vila Mar, para além de manter o Curso de Currículo Alternativo / Oficinal de 2.º Ciclo do Ensino Recorrente, sentiu a necessidade de criar um Curso de Educação e Formação de nível 1 (com equivalência ao 6.º ano) e no ano posterior criou-se um Curso de Ensino Recorrente Alternativo / Oficinal de 1.º e 2.º ciclos. Nesse mesmo ano, com o intuito de dar resposta aos alunos que haviam concluído o nível 1, iniciou-se um Curso de Educação e Formação de nível 2 (com equivalência ao 9.º ano).
Considerando que os jovens em acolhimento institucional no EVM tendem a apresentar necessidades especiais de educação e integração social; risco de abandono escolar precoce; elevado absentismo escolar; idade desajustada ao ano escolar que frequentam, pelas elevadas repetências escolares; insucesso recorrente; interesses completamente divergentes dos escolares; exclusão de outras escolas devido a questões de indisciplina; comportamentos disruptivos e condutas desviantes, no ano letivo 2010/2011, a oferta formativa passou a disponibilizar Cursos de Educação e Formação dos tipos 1 e 2 e, a partir do ano seguinte, a Escola do Estabelecimento Vila Mar foi pioneira na Região Autónoma da Madeira, abrindo dois Programas Integrados de Educação e Formação (PIEF), com equivalência ao 6.º e 9.º anos.